Красная книга Кыргызской Республики (кирг. Кыргыз Республикасынын Кызыл китеби) — аннотированный список редких и находящихся под угрозой исчезновения в Киргизии животных, растений и грибов. Насчитывает 2 издания: первое издание вышло в 1985 году, второе — в 2006 году.

В 1981 году Правительство Киргизской ССР утвердило список видов, подлежащих включению в национальную Красную книгу и в 1984 году — дополнительный список. Всего в Красную книгу Киргизской ССР должно было быть включено 13 видов и подвидов млекопитающих, 31 вид и подвид птиц, 3 вида пресмыкающихся, 1 вид рыб, 16 видов насекомых и 65 видов высших растений. Однако, в первое издание Красной книги Киргизской ССР, вышедшее в 1985 году, вошли лишь виды первого списка: 13 видов и подвидов млекопитающих, 20 видов и подвидов птиц, 3 вида пресмыкающихся, 2 вида рыб, 5 видов насекомых и 65 видов высших растений. До 2006 года Красная книга не переиздавалась.

Современное издание включает 23 вида млекопитающих, 57 видов птиц, 8 видов пресмыкающихся, 2 вида амфибий, 7 видов рыб, 18 видов членистоногих, 83 вида высших растений и 6 видов грибов.